Kızılırmak Araştırma ve Uygulama Merkezinin temel amacı, Kızılırmak nehri ve havzasındaki ekosistemlerin mevcut durumunu tespit etmek , korumak, sürdürülebilir gelişim planlarını hazırlamak, uygulamak, değerlendirmek, konu ile ilgili disiplinler arası araştırma, eğitim, ve koordinasyon hizmetlerini yapmaktır. Bunun yanında, Kızılırmak nehrinin içinden geçtiği yerleşim merkezlerindeki ilgili kurum ve kuruluşlar ile işbirliği yaparak Kızılırmak nehrinin korunmasına yönelik koordinasyonu sağlamaya çalışmaktır.